Comparative Analysis of Different Methods Used for the Identification of Candida on Species Level

Erdem, Hatice; Erganiş, Sidre; Evren, Ebru; Aksakal, Fatma Nur; Çağlar, Kayhan; Kalkancı, Ayşe

Hatice Erdem¹, Sidre Erganiş¹, Ebru Evren², Fatma Nur Aksakal³, Kayhan Çağlar¹, Ayşe Kalkancı¹

¹Gazi University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Ankara
²Ankara University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Ankara
³Gazi University Faculty of Medicine, Department of Public Health, Ankara

INTRODUCTION: Since it changes treatment alternatives, identification of Candida yeast which is the most frequent infectious agent in human beingson species level. Many laboratories deficient in the use of classical diagnostic methods resort to commercially available automated identification methods. But, diagnostic “accuracy” of commercial identification systems have demonstrated variable results in various comparative studies. The aim of the present work is to compare different identification methods used for Candida species.
METHODS: Distribution of 276 Candida species was analyzed in Gazi University Hospital Microbiology Laboratory during the period between June 2015 and June 2016, and 72 isolates of Candida spp. were selected according to ‘stratified random sampling’ analysis method so as to accurately represent distribution related to this one year period Candida species Identification results obtained from morphological evaluation on corn meal-tween 80 agar as a conventional method and ID32C yeast identification system in addition to MALDI-TOF identification patterns were compared. A second comparative analysis was performed for 27 isolates in 72 selected samples using rRNA region ITS gene sequencing and Phoenix™ system.
RESULTS: When ID32C method was considered as the gold standard in species identification in this study, a total of 41 isolates (56%) were identifed accurately by all three methods. The remaining 31 isolates (44%) were misidentified by at least one of the three methods. Among 27 isolates that were reidentified by DNA sequencing method, PhoenixTM identification system (n=14: 52%), morphology on corn meal-tween 80 agar (n=16: 59%), MALDITOF (n=22: 81%), and ID32C identification method (n=21: 78%) accurately identified indicated number of Candida isolates.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Among the techniques analysed, we estimated that the MALDI-TOF system presents valuable and fast results; however if we consider the costs of the methods, the most reliable method is ID32C method based on carbohydrate assimilation in identifying Candida species. Other methods presented accuracy between 52% and 79%.

Keywords:

Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanımlanmasında kullanılan yöntemlerin karşılaştırmalı analizi

Hatice Erdem¹, Sidre Erganiş¹, Ebru Evren², Fatma Nur Aksakal³, Kayhan Çağlar¹, Ayşe Kalkancı¹

¹Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara
²Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara
³Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Halk Sağlığı Anabilim Dalı, Ankara

GİRİŞ ve AMAÇ: İnsanlarda en sık hastalık etkeni olan Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanımlanmaları tedavi seçeneklerini değiştirdiği için büyük önem taşımaktadır. Klasik tanı yöntemlerini kullanmak açısından yetersiz olan laboratuvarların birçoğu ticari tanımlama sistemlerine başvurmaktadır. Ancak, ticari sistemlerin “doğrulukları” çeşitli karşılaştırmalı çalışmalarda değişkenlik göstermektedir. Bu çalışmada Candida türlerinin tanımlanmasında kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: 2015 Haziran-2016 Haziran tarihleri arasında Gazi Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında tür düzeyinde tanımlanan 276 Candida cinsi mayanın dağılımları incelenmiş, bir yıllık dağılımı doğru temsil edecek şekilde tabakalı örnekleme yöntemine göre 72 köken seçilmiştir. Klasik tanımlama yöntemleri olan mısır unu-tween 80 agarda morfoloji ve ID32C maya tanımlama yöntemine ek olarak MALDI-TOF yöntemi sonuçları karşılaştırılmıştır. Kökenlerin 27’si için altın standart yöntem olarak rRNA gen bölgesi ITS genleri dizi analizi ve PhoenixTM yöntemi uygulanarak ikinci bir karşılaştırma yapılmıştır.
BULGULAR: Tür tanımlamasında altın standart yöntem olarak ID32C yöntemi kabul edildiğinde, 41 kökenin (% 56) her üç yöntemle de doğru olarak tanımlandığı görülmüştür. Kalan 31 kökenin ise (% 44) en az bir yöntem ile hatalı tanımlandığı anlaşılmıştır. Dizi analizi ve PhoenixTM ile yeniden tanımlanan 27 kökenden 14 tanesinin (% 52) PhoenixTM sistemi ile, 16 tanesinin (% 59) mısır unu-tween 80 agarda morfoloji yöntemi ile, 22 tanesinin (% 81) MALDI-TOF ile, 21 tanesinin (% 78) ID32C yöntemi ile doğru tanımlandığı hesaplanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında MALDI-TOF yönteminin hızlı ve güvenilir sonuç verdiği, maliyeti göz önüne alındığında ise, Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanınmasında en güvenilir yöntemin karbonhidrat asimilasyonuna dayalı ID32C yöntemi olduğu, diğer tanımlama yöntemlerinin ise % 52 ve % 59 doğrulukta tanımlama yapabildiği hesaplanmıştır.

Anahtar Kelimeler:

Hatice Erdem, Sidre Erganiş, Ebru Evren, Fatma Nur Aksakal, Kayhan Çağlar, Ayşe Kalkancı. Comparative Analysis of Different Methods Used for the Identification of Candida on Species Level. . 2017; 47(3): 114-124

Corresponding Author: Ayşe Kalkancı, Türkiye