Korte DNA-sekvenser påvist i mikrobiota

Små DNA-sekvenser med færre enn 50 aminosyrer kan vise seg å ha viktige biologiske funksjoner.

DNA-sekvenser med færre enn 50 aminosyrer har ofte blitt ignorert. En ny studie av 2 000 genomer til mikrobiota fra hud, skjede, tarm og munnhule viste mer enn 4 000 proteinfamilier, hvorav færre enn 5 % var kjent fra før (1). Små DNA-proteiner med 5–50 aminosyrer ble identifisert og forsøkt karakterisert. Mange hadde ukjent funksjon eller domene, men rundt en tredel av dem syntes å være involvert i kommunikasjon mellom celler, bl.a. som reguleringsmediatorer, og i forsvaret mot virus og andre bakterier.

– Denne studien er et godt eksempel på at betydelig informasjon kan gå ubemerket hen hvis fokuset er satt på forhånd, sier Tuula Nyman og Steven Ray, som arbeider ved Universitetet i Oslo på henholdsvis Avdeling for immunologi og transfusjonsmedisin, Oslo universitetssykehus, og Kjemisk institutt. Dette minner dem om mannen i gorillakostyme som går usett gjennom en ballspillende gruppe og observatøren som har fått beskjed om kun å telle antall pasninger (2).

– Det neste ledd i dette forskningsarbeidet blir å vise at proteiner som disse korte DNA-sekvensene kan tenkes å kode for, faktisk er funksjonelle proteiner og å bestemme deres funksjon. Det har vært store tekniske vanskeligheter med denne type studier, sier Nyman og Wilson, som håper at forskere med bakgrunn i proteomikk kan utvikle nye metoder for å studere slike proteiner bedre.