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Article Dans Une Revue Innovations Agronomiques Année : 2018

Outil de détection de Fusarium oxysporum f. sp. cyclaminis et biocontrôle de la Fusariose du cyclamen

Résumé

Fusarium wilt of cyclamen is one of the most damaging diseases of cyclamen caused by the soil-borne fungus Fusarium oxysporum f. sp. cyclaminis. This disease leads to the death of cyclamens. Losses can reach more than 50% of the production. Presently no methods for fusarium control are available. In this context, a project was developed in collaboration with ASTREDHOR the French institute of horticulture, INRA of Dijon and the company Agrene. The project had two goals: i) designing a Fusarium oxysporum f. sp. cyclaminis specific molecular marker allowing to detect the disease, and ii) identifying efficient biological control agents. A specific molecular marker was identified by random amplified polymorphic DNA within a collection of strains representative of F. oxysporum f. sp. cyclaminis diversity. A specific primer pairs was designed and validated on a large multi-taxa collection of fungal strains. This pair of primers specifically detects the pathogenic fungus in the plant regardless of its phenological stage or in the substrate and the fertilization solution, making it a powerful molecular tool for prophylaxis and early diagnosis. Alongside, greenhouse bioassays were performed to test putative bacterial and fungal biocontrol agents (BCA), alone or in combination. Two products were selected for the ability to reduce the disease but validation is required before they are used in production.
La fusariose vasculaire du cyclamen est une maladie causée par le champignon tellurique Fusarium oxysporum f. sp. cyclaminis. C’est une des maladies majeures du cyclamen qui conduit inévitablement à la mort de la plante. En cas d’infestation, des pertes peuvent atteindre jusqu’à 50 % de la production. Actuellement, il n’existe pas de moyens de lutte contre cette maladie. C’est dans ce contexte que le projet FuCy a débuté, associant l’institut technique de l’horticulture, ASTREDHOR, l’INRA de Dijon et la société Agrene. Les objectifs de ce programme étaient d’identifier un marqueur spécifique de la forme spéciale cyclaminis pour développer un outil de détection du pathogène et de tester des agents de lutte biologique efficace contre ce champignon du sol. Concernant l’outil moléculaire, un fragment d’ADN spécifique de l’agent pathogène a été mis en évidence par amplification aléatoire d’ADN polymorphe au sein d’une collection de souches représentatives de la diversité de F. oxysporum f. sp. cyclaminis. Un couple d’amorces spécifiques a ainsi été élaboré et validé sur une collection de 138 souches appartenant à différents taxons. Ce couple d'amorces détecte spécifiquement le champignon pathogène dans la plante quel que soit son stade phénologique ou dans le substrat et la solution de fertilisation, ce qui en fait un outil moléculaire spécifique de choix pour la prophylaxie et le diagnostic précoce. Parallèlement, des bioessais ont été réalisés sous serre, afin de tester la possibilité d'utiliser des bactéries et des champignons seuls ou en combinaison comme agents de biocontrôle de F. oxysporum f. sp. cyclaminis. Deux produits donnent des résultats encourageants contre ce pathogène même si un travail de recherche complémentaire reste nécessaire afin de valider ces travaux.
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hal-01839191 , version 1 (13-07-2018)

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Citer

Marc-Antoine Cannesan, Christophe Lecomte, Véronique Edel-Hermann, Agnès Langlois, Claude Alabouvette, et al.. Outil de détection de Fusarium oxysporum f. sp. cyclaminis et biocontrôle de la Fusariose du cyclamen. Innovations Agronomiques, 2018, 63, pp.373-383. ⟨10.15454/1.5191191878882002E12⟩. ⟨hal-01839191⟩
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