Outil de détection de Fusarium oxysporum f. sp. cyclaminis et biocontrôle de la Fusariose du cyclamen
Résumé
Fusarium wilt of cyclamen is one of the most damaging diseases of cyclamen caused by the soil-borne
fungus Fusarium oxysporum f. sp. cyclaminis. This disease leads to the death of cyclamens. Losses can
reach more than 50% of the production. Presently no methods for fusarium control are available. In this
context, a project was developed in collaboration with ASTREDHOR the French institute of horticulture,
INRA of Dijon and the company Agrene. The project had two goals: i) designing a Fusarium oxysporum
f. sp. cyclaminis specific molecular marker allowing to detect the disease, and ii) identifying efficient
biological control agents. A specific molecular marker was identified by random amplified polymorphic
DNA within a collection of strains representative of F. oxysporum f. sp. cyclaminis diversity. A specific
primer pairs was designed and validated on a large multi-taxa collection of fungal strains. This pair of
primers specifically detects the pathogenic fungus in the plant regardless of its phenological stage or in
the substrate and the fertilization solution, making it a powerful molecular tool for prophylaxis and early
diagnosis. Alongside, greenhouse bioassays were performed to test putative bacterial and fungal
biocontrol agents (BCA), alone or in combination. Two products were selected for the ability to reduce
the disease but validation is required before they are used in production.
La fusariose vasculaire du cyclamen est une maladie causée par le champignon tellurique Fusarium
oxysporum f. sp. cyclaminis. C’est une des maladies majeures du cyclamen qui conduit inévitablement
à la mort de la plante. En cas d’infestation, des pertes peuvent atteindre jusqu’à 50 % de la production.
Actuellement, il n’existe pas de moyens de lutte contre cette maladie. C’est dans ce contexte que le
projet FuCy a débuté, associant l’institut technique de l’horticulture, ASTREDHOR, l’INRA de Dijon et la
société Agrene. Les objectifs de ce programme étaient d’identifier un marqueur spécifique de la forme
spéciale cyclaminis pour développer un outil de détection du pathogène et de tester des agents de lutte
biologique efficace contre ce champignon du sol. Concernant l’outil moléculaire, un fragment d’ADN
spécifique de l’agent pathogène a été mis en évidence par amplification aléatoire d’ADN polymorphe au
sein d’une collection de souches représentatives de la diversité de F. oxysporum f. sp. cyclaminis. Un
couple d’amorces spécifiques a ainsi été élaboré et validé sur une collection de 138 souches
appartenant à différents taxons. Ce couple d'amorces détecte spécifiquement le champignon pathogène
dans la plante quel que soit son stade phénologique ou dans le substrat et la solution de fertilisation, ce
qui en fait un outil moléculaire spécifique de choix pour la prophylaxie et le diagnostic précoce.
Parallèlement, des bioessais ont été réalisés sous serre, afin de tester la possibilité d'utiliser des
bactéries et des champignons seuls ou en combinaison comme agents de biocontrôle de F. oxysporum
f. sp. cyclaminis. Deux produits donnent des résultats encourageants contre ce pathogène même si un
travail de recherche complémentaire reste nécessaire afin de valider ces travaux.
Origine : Accord explicite pour ce dépôt
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