전속고발제도란 일정한 범죄에 관하여 소추기관인 검사가 공소를 제기하려면 특정 행정기관에 의한 고발이 반드시 전제되어야 하는 것을 말한다. 이러한 전속고발은 형사소송법상 공소제기원칙 즉 국가소추주의, 기소독점주의, 그리고 기소편의주의에 배치되는 것이다. 공정거래위원회의 전속고발권 행사는 일반적인 고발과는 달리 단순히 수사의 단서에 불과한 것이 아니라 친고죄의 형사소추요건이 된다. 따라서 공정거래법 제66조와 제67조 위반행위에 대해서는 공정거래위원회의 고발이 없는 한 검찰은 이를 소추할 수 없고, 고발 없이 제기된 공소는 기각의 대상이다. 공정거래위원회의 전속고발권은 검사의 공소권 행사에 대하여 사전적으로 제약을 하여 고발의 남용을 막고자 도입되었다.
1996년 개정 공정거래법에서 공정거래위원회의 재량적 전속고발제도와 검찰총장에 의한 고발요청권이 신설되었다. 그럼에도 불구하고, 공정거래위원회의 전속고발권행사는 여전히 소극적이었다. 그에 따라 2013. 7. 16. 공정거래법이 개정되면서 고발요청권을 감사원장, 조달청장, 중소기업청장에게 확대하였다. 또한, 검찰총장을 포함하여 고발요청권을 가진 해당 부처가 공정거래위원회에 고발을 요청하는 경우 공정거래위원회로 하여금 반드시 고발하도록 고발의무를 부여하게 되었다.
공정거래위원회의 소극적인 고발권 행사로 인한 형사 제재 미흡으로 불공정행위가 근절되지 않는다는 비판이 제기됨에 따라 현행 전속고발제의 문제점을 해결하기 위한 개편 논의가 있다. 학설은 크게 3가지로 나뉜다. 하나는 공정거래법 위반 행위에 대해서는 원칙적으로 경제분석 등이 필요하므로 이에 대한 전문적인 능력을 갖고 있는 공정거래위원회가 계속해서 전속고발권을 갖고 있는 것이 기업에 대한 고발권남용 등의 폐해를 방지할 수 있다는 존치론이다. 다른 하나는 공정위의 고발권 불행사에 따른 당사자의 재판청구권 및 실효성 있는 공정거래관행의 정착을 위하여 전속고발권을 폐지하자는 것이다. 전속고발권의 폐지와 관련해서는 전면폐지와 이른바 경성카르텔 등 경쟁에의 영향이 큰 행위에 대해서는 전속고발권을 폐지하자는 일부폐지 의견이 있다.
전속고발권이 폐지되는 경우 기업 입장에서 공정거래법 위반 여부를 파악하기 어려운 행위가 존재한다. 경제분석을 통하여서만 당해 행위의 공정거래법 위반 여부를 파악할 수 있는 행위가 그것이다. 예컨대, 시장지배적 지위의 남용금지, 기업결합의 금지 등이 그러하다. 그러나 공정거래법 위반 행위 가운데 시장의 경제분석이 필요 없이 그 자체 위법한 행위라고 분류될 수 있는 행위유형에 대해서는 공정거래위원회의 전속고발권을 폐지하더라도 기업활동이 위축될 여지는 적다고 할 것이다. 이와 같은 대표적인 분야가 바로 부당한 공동행위 중의 경성카르텔(hardcore cartel)이다.
대기업에 의해 대규모로, 지속적으로 이루어지는 담합행위 등에 대하여 보다 적극적으로 공정거래위원회가 대처해야 한다. 형사고발도 보다 적극적으로 이루어지지 않으면 안 될 것이다. 그러나 공정거래위원회의 형사고발 행정이 전속고발권을 폐지할 만큼 미흡하다고 하는 것에 대해서는 긍정하기 어렵다. 오히려 담합을 근절하기 위해서는 미국과 같이 담합에 따른 과징금의 최고한도를 관련 매출액의 20% 정도로 확대할 필요가 있어 보인다.
리니언시에 의하여 자진신고한 사업자에 대한 형사고발의 면제는 부당한 공동행위를 한 사업자에게 자진신고를 할 상당한 인센티브의 역할을 담당한다. 만약 자진신고한 자에게 이와 같은 인센티브를 제공하지 않으면 갈수록 지능화되고 그 담합의 증거를 찾기 어려운 부당한 공동행위에 대하여 이를 밝혀내어 처벌하기는 더욱 어렵게 될 것이다. 이와 같은 현실을 반영하면 자진신고자에게 형사처벌을 위한 고발을 면제할 필요가 있다. 부당한 공동행위를 한 사업자가 공정거래위원회에 자진신고하는 초기부터 공정거래위원회와 검찰 간에는 긴밀한 협조관계가 유지되지 않으면 안 된다.

The exclusive accusation system means that prosecutors who are prosecuting authorities concerning a certain crime must necessarily assume accusations by specific administrative organizations in order to file prosecution. Such an exclusive accusation is contrary to the principle of filing a prosecution under the Criminal Procedure Act, that is against national prosecutionism, indictment monopoly, and indictment opportunism. Unlike general accusations, the Fair Trade Commission`s exclusive complaint right is not merely a clue to the investigation but is a requirement for criminal prosecution. Therefore, for violation of Articles 66 and 67 of the Monopoly Regulation and Fair Trade Act, prosecutors can not prosecute unless there is a complaint by the Fair Trade Commission, and the prosecution raised without accusation is rejected. The exclusive complaint right of the Fair Trade Commission was introduced in order to limit the prosecution`s right of exercise in advance and to prevent abuse of accusations.
When the exclusive accusation right is abolished, there is an act which is difficult to grasp the propriety of Fair Trade Act violation from the standpoint of the company. It is an act that can grasp the propriety of Fair Trade Act violation of the act only through economic analysis. For example, it is banning the abuse of market dominant position, banning business combination. However, among acts of violation of the Fair Trade Act, with regard to types of acts classified as illegal acts without necessity of economic analysis of the market, even if abolishes the Fair Trade Commission’s exclusive complaint right, the business activity will not shrink. Such representative fields are hard-core cartels.
The Fair Trade Commission must deal more actively against hard-core cartels that are sustained on a large scale by large companies. And the Fair Trade Commission shall file a criminal charge with the Prosecutor General more actively. However, it can not be affirmed that the criminal charges administration of the Fair Trade Commission is insufficient to abolish the exclusive accusation right. Rather, in order to eradicate hard-core cartels, it seems that it is necessary to expand the maximum limit of penalty due to hard-core cartels to about 20% of related sales as in the United States.
The Leniency Program, that is an exemption from criminal charges against a person who voluntarily reports the illegal cartel conduct. If we do not provide such incentives to those who voluntarily reports the illegal cartel conduct, it will be more difficult to find and to punish against iliegal cartel. Reflecting such reality, it is necessary to exempt voluntary reporters from accusations for criminal punishment. A close cooperative relationship must be maintained between the Fair Trade Commission and the prosecution from the beginning of reports when person who carried out illegal cartel to the Fair Trade Commission.