抗生物質,栄養素,香料等,化合物は現代生活に欠かせない。化合物の一つの重要な情報は化学構造式である。近年,化合物の化学構造式の情報が電子的に蓄積され,蓄積されたデータから計算機による情報抽出・知識発見が可能となってきた。特に,例えば抗がん剤等,特定の効能を持つ複数の薬の化学構造式に頻出する部分構造フラグメントの抽出は,これらが効能のキーとなる情報を含むため有効であり,さらに,それらが未知であれば,新規創薬設計への大きな貢献を成す可能性がある。本稿では,化学構造式をグラフとみなし頻出部分グラフを全列挙する問題と解決のための技術的背景と方法について解説する。