Hypopygus benoneae, new species, is described from streams in the lower Rio Anapu, in the eastern portion of the Amazon basin, Brazil. The new species is diagnosed from all congeners by a unique set of characters, including the absence of the sixth infraorbital bone and 115–134 total anal-fin rays. Hypopygus benoneae, new species, is a member of a clade also comprising H. hoedemani, H. lepturus, and H. minissimus. The description of H. benoneae, new species, brings the number of species in Hypopygus to nine. A dichotomous key to the species of Hypopygus is provided.

Hypopygus benoneae, nova espécie, é descrita para igarapés do baixo Rio Anapu, na porção oriental da bacia Amazônica, Brasil. A nova espécie é diagnosticada de todos os congêneres por uma combinação única de caracteres, tais como a ausência do sexto osso infraorbital e o número total de raios da nadadeira anal 115–134. Hypopygus benoneae, nova espécie, é um membro do clado que também inclui H. hoedemani, H. lepturus, and H. minissimus. A descrição de H. benoneae, nova espécie, eleva o número de espécies em Hypopygus para nove. Uma chave dicotômica para as espécies de Hypopygus é fornecida.