L'hydroélectricité est un pilier de l'énergie suisse, même si son avenir est instable. Afin de mieux préparer la transition énergétique et les scénarios à long terme, une évaluation des impacts et risques est nécessaire. Cette thèse analyse cette problématique complexe tout en se concentrant sur les changements climatiques et la libéralisation des marchés de l'électricité. Une première approche englobe tous les ‘drivers' en se basant sur la littérature scientifique et des rapports officiels. Puis, des méthodes spécifiques et quantitatives sont utilisées. Dans les cas étudiés en Suisse et Italie, les changements climatiques ont un impact limité et les caractéristiques locales sont importantes. De plus, une gestion appropriée des installations hydroélectriques permet de réduire les pertes en terme d'énergie produite et de revenus Les incertitudes sur les ruissellements sont également faibles, car les divers scénarios d'émission de gaz à effet de serre apportent peu de variation dans les prévisions à long terme. Par contre, les prix de l'électricité sont une source d'incertitude importante. Finalement, les résultats d'un projet de pompage-turbinage en amont du barrage actuel de Mauvoisin montrent que les conditions de marché actuelles compromettent les investissements dans le stockage de l'énergie.