ポストシーケンス時代の到来にともない，膨大な機能の分からないタンパク質が出現することは，容易に想像がつく．また，機能の分かったタンパク質においても，新たな機能の解明の必要性が生じることもあろう．現在，機能の分からないタンパク質の機能予測をする場合，そのタンパク質が結合する分子を見つけだして，それを手がかりに機能予測をするという手法がよくとられる．本稿では，タンパク質相互作用分子の検索法から両者の相互作用解析法までを順を追って紹介する．実験技術として目新しいものではないが，タンパク質間相互作用解析のアプローチとそれぞれの解析法の利点や問題点等も含めて解説する．さらに，このアプローチを用いて，我々は新規イノシトール1,4,5-三リン酸結合タンパク質（PRIP-1）がプロテインホスファターゼ1情報伝達系とGABA_A受容体情報伝達系に関わることを明らかにしたので合わせて紹介する．