Abstract
Here we investigate to what extent X-ray absorption (XAS) and emission (XES) spectroscopy, the oxygen-oxygen radial distribution function and σ(1H) and σ(17O) NMR shielding can be represented by a common set of model structures of liquid water. This is done by using a Monte Carlo-based fitting technique which fits the spectra based on a library of ∼1400 precomputed spectra and assigns weights to contributions from different model structures. These are then used to reweight the contributions from the structures in the library to reveal classes of structures that are over- or under-represented in the library. The goal is to include different experimental data sets which are sensitive to different aspects of liquid water structure and thus narrow down which types of structures must exist in the real liquid.
Similar content being viewed by others
References
L. G. M. Pettersson, R. H. Henchman, and A. Nilsson, Chem. Rev 116, 7459 (2016).
P. Gallo, K. Amann-Winkel, C. A. Angell, M. A. Anisimov, F. Caupin, C. Chakravarty, E. Lascaris, T. Loerting, A. Z. Panagiotopoulos, J. Russo, J. A. Sellberg, H. E. Stanley, H. Tanaka, C. Vega, L. Xu, and L. G. M. Pettersson, Chem. Rev 116, 7463 (2016).
J. W. Biddle, R. S. Singh, E. M. Sparano, F. Ricci, M. A. González, C. Valeriani, J. L. F. Abascal, P. G. Debenedetti, M. A. Anisimov, and F. Caupin, J. Chem. Phys 146, 034502 (2017), arXiv: 1611.00443.
V. Holten, and M. A. Anisimov, Sci. Rep 2, 713 (2012), arXiv: 1207.2101.
R. S. Singh, J. W. Biddle, P. G. Debenedetti, and M. A. Anisimov, J. Chem. Phys 144, 144504 (2016), arXiv: 1602.04242.
J. Russo, and H. Tanaka, Nat. Commun 5, 3556 (2014), arXiv: 1308.4231.
R. Shi, J. Russo, and H. Tanaka, J. Chem. Phys 149, 224502 (2018).
H. Tanaka, J. Chem. Phys 112, 799 (2000).
A. Nilsson, C. Huang, and L. G. M. Pettersson, J. Mol. Liquids 176, 2 (2012).
A. Nilsson, and L. G. M. Pettersson, Chem. Phys 389, 1 (2011).
A. Nilsson, and L. G. M. Pettersson, Nat. Commun 6, 8998 (2015).
C. A. Angell, R. D. Bressel, M. Hemmati, E. J. Sare, and J. C. Tucker, Phys. Chem. Chem. Phys 2, 1559 (2000).
F. Perakis, K. Amann-Winkel, F. Lehmkühler, M. Sprung, D. Mariedahl, J. A. Sellberg, H. Pathak, A. Späh, F. Cavalca, D. Schlesinger, A. Ricci, A. Jain, B. Massani, F. Aubree, C. J. Benmore, T. Loerting, G. Grübel, L. G. M. Pettersson, and A. Nilsson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114, 8193 (2017).
H. Kanno, and C. A. Angell, J. Chem. Phys 70, 4008 (1979).
R. J. Speedy, and C. A. Angell, J. Chem. Phys 65, 851 (1976).
P. H. Poole, F. Sciortino, U. Essmann, and H. E. Stanley, Nature 360, 324 (1992).
K. H. Kim, A. Späh, H. Pathak, F. Perakis, D. Mariedahl, K. Amann-Winkel, J. A. Sellberg, J. H. Lee, S. Kim, J. Park, K. H. Nam, T. Katayama, and A. Nilsson, Science 358, 1589 (2017).
G. E. Walrafen, J. Chem. Phys 40, 3249 (1964).
G. E. Walrafen, M. R. Fisher, M. S. Hokmabadi, and W. H. Yang, J. Chem. Phys 85, 6970 (1986).
G. E. Walrafen, M. S. Hokmabadi, and W. H. Yang, J. Chem. Phys 85, 6964 (1986).
Q. Sun, Vib. Spectr 62, 110 (2012).
Q. Sun, Chem. Phys. Lett. 568–569, 90 (2013).
L. Xu, F. Mallamace, Z. Yan, F. W. Starr, S. V. Buldyrev, and H. E. Stanley, Nat. Phys 5, 565 (2009).
J. R. Scherer, M. K. Go, and S. Kint, J. Phys. Chem 78, 1304 (1974).
P. Wernet, D. Nordlund, U. Bergmann, M. Cavalleri, M. Odelius, H. Ogasawara, L. A. Näslund, T. K. Hirsch, L. Ojamäe, P. Glatzel, L. G. M. Pettersson, and A. Nilsson, Science 304, 995 (2004).
C. Huang, K. T. Wikfeldt, T. Tokushima, D. Nordlund, Y. Harada, U. Bergmann, M. Niebuhr, T. M. Weiss, Y. Horikawa, M. Leetmaa, M. P. Ljungberg, O. Takahashi, A. Lenz, L. Ojamäe, A. P. Lyubartsev, S. Shin, L. G. M. Pettersson, and A. Nilsson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106, 15214 (2009).
A. Nilsson, T. Tokushima, Y. Horikawa, Y. Harada, M. P. Ljungberg, S. Shin, and L. G. M. Pettersson, J. Electron Spectr. Related Phenom 188, 84 (2013).
T. Tokushima, Y. Harada, Y. Horikawa, O. Takahashi, Y. Senba, H. Ohashi, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, and S. Shin, J. Electron Spectr. Related Phenom 177, 192 (2010).
T. Tokushima, Y. Harada, O. Takahashi, Y. Senba, H. Ohashi, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, and S. Shin, Chem. Phys. Lett 460, 387 (2008).
C. Huang, T. M. Weiss, D. Nordlund, K. T. Wikfeldt, L. G. M. Pettersson, and A. Nilsson, J. Chem. Phys 133, 134504 (2010).
A. Späh, H. Pathak, K. H. Kim, F. Perakis, D. Mariedahl, K. Amann-Winkel, J. A. Sellberg, J. H. Lee, S. Kim, J. Park, K. H. Nam, T. Katayama, and A. Nilsson, Phys. Chem. Chem. Phys 21, 26 (2019).
K. T. Wikfeldt, C. Huang, A. Nilsson, and L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys 134, 214506 (2011).
Y. Harada, J. Miyawaki, H. Niwa, K. Yamazoe, L. G. M. Pettersson, and A. Nilsson, J. Phys. Chem. Lett 8, 5487 (2017).
Y. Harada, T. Tokushima, Y. Horikawa, O. Takahashi, H. Niwa, M. Kobayashi, M. Oshima, Y. Senba, H. Ohashi, K. T. Wikfeldt, A. Nilsson, L. G. M. Pettersson, and S. Shin, Phys. Rev. Lett 111, 193001 (2013).
Y. Maréchal, J. Mol. Struct 1004, 146 (2011).
M. Leetmaa, K. T. Wikfeldt, M. P. Ljungberg, M. Odelius, J. Swenson, A. Nilsson, and L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys 129, 084502 (2008).
U. Bergmann, A. Di Cicco, P. Wernet, E. Principi, P. Glatzel, and A. Nilsson, J. Chem. Phys 127, 174504 (2007).
U. Bergmann, A. D. Cicco, P. Wernet, E. Principi, P. Glatzel, and A. Nilsson, J. Chem. Phys 128, 089902 (2008).
M. Leetmaa, K. Thor Wikfeldt, and L. G. M. Pettersson, J. Phys.-Condens. Matter 22, 135001 (2010), arXiv: 0909.0197.
K. T. Wikfeldt, M. Leetmaa, A. Mace, A. Nilsson, and L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys 132, 104513 (2010).
I. Zhovtobriukh, P. Norman, and L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys 150, 034501 (2019).
A. Nilsson, D. Nordlund, I. Waluyo, N. Huang, H. Ogasawara, S. Kaya, U. Bergmann, L. Å. Näslund, H. Öström, P. Wernet, K. J. Andersson, T. Schiros, and L. G. M. Pettersson, J. Electron Spectr. Related Phenom 177, 99 (2010).
K. Modig, and B. Halle, J. Am. Chem. Soc 124, 12031 (2002).
J. C. Facelli, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectr 58, 176 (2011).
P. Schanda, and M. Ernst, Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectr 96, 1 (2016).
Y. Shao, Z. Gan, E. Epifanovsky, A. T. B. Gilbert, M. Wormit, J. Kussmann, A. W. Lange, A. Behn, J. Deng, X. Feng, D. Ghosh, M. Goldey, P. R. Horn, L. D. Jacobson, I. Kaliman, R. Z. Khaliullin, T. Kuś, A. Landau, J. Liu, E. I. Proynov, Y. M. Rhee, R. M. Richard, M. A. Rohrdanz, R. P. Steele, E. J. Sundstrom, H. L. Woodcock Iii, P. M. Zimmerman, D. Zuev, B. Albrecht, E. Alguire, B. Austin, G. J. O. Beran, Y. A. Bernard, E. Berquist, K. Brandhorst, K. B. Bravaya, S. T. Brown, D. Casanova, C. M. Chang, Y. Chen, S. H. Chien, K. D. Closser, D. L. Crittenden, M. Diedenhofen, R. A. DiStasio Jr., H. Do, A. D. Dutoi, R. G. Edgar, S. Fatehi, L. Fusti-Molnar, A. Ghysels, A. Golubeva-Zadorozhnaya, J. Gomes, M. W. D. Hanson-Heine, P. H. P. Harbach, A. W. Hauser, E. G. Hohenstein, Z. C. Holden, T. C. Jagau, H. Ji, B. Kaduk, K. Khistyaev, J. Kim, J. Kim, R. A. King, P. Klunzinger, D. Kosenkov, T. Kowalczyk, C. M. Krauter, K. U. Lao, A. D. Laurent, K. V. Lawler, S. V. Levchenko, C. Y. Lin, F. Liu, E. Livshits, R. C. Lochan, A. Luenser, P. Manohar, S. F. Manzer, S. P. Mao, N. Mardirossian, A. V. Marenich, S. A. Maurer, N. J. Mayhall, E. Neuscamman, C. M. Oana, R. Olivares-Amaya, D. P. O’Neill, J. A. Parkhill, T. M. Perrine, R. Peverati, A. Prociuk, D. R. Rehn, E. Rosta, N. J. Russ, S. M. Sharada, S. Sharma, D. W. Small, A. Sodt, T. Stein, D. Stück, Y. C. Su, A. J. W. Thom, T. Tsuchimochi, V. Vanovschi, L. Vogt, O. Vydrov, T. Wang, M. A. Watson, J. Wenzel, A. White, C. F. Williams, J. Yang, S. Yeganeh, S. R. Yost, Z. Q. You, I. Y. Zhang, X. Zhang, Y. Zhao, B. R. Brooks, G. K. L. Chan, D. M. Chipman, C. J. Cramer, W. A. Goddard Iii, M. S. Gordon, W. J. Hehre, A. Klamt, H. F. Schaefer Iii, M. W. Schmidt, C. D. Sherrill, D. G. Truhlar, A. Warshel, X. Xu, A. Aspuru-Guzik, R. Baer, A. T. Bell, N. A. Besley, J. D. Chai, A. Dreuw, B. D. Dunietz, T. R. Furlani, S. R. Gwaltney, C. P. Hsu, Y. Jung, J. Kong, D. S. Lambrecht, W. Z. Liang, C. Ochsenfeld, V. A. Rassolov, L. V. Slipchenko, J. E. Subotnik, T. Van Voorhis, J. M. Herbert, A. I. Krylov, P. M. W. Gill, and M. Head-Gordon, Mol. Phys 113, 184 (2015).
M. E. Casida, Recent Advances in Density Functional Methods, edited by D. P. Chong (World Scientific, Singapore, 1995).
S. Hirata, and M. Head-Gordon, Chem. Phys. Lett 314, 291 (1999).
M. Neeb, J. E. Rubensson, M. Biermann, and W. Eberhardt, J. Electron Spectr. Related Phenom 67, 261 (1994).
J. D. Wadey, and N. A. Besley, J. Chem. Theor. Comput 10, 4557 (2014).
W. Kutzelnigg, U. Fleischer, and M. Schindler, NMR-Basic Principles and Progress (Springer Verlag, Heidelberg, 1990).
W. J. Hehre, R. Ditchfield, and J. A. Pople, J. Chem. Phys 56, 2257 (1972).
P. Norman, D. M. Bishop, H. Jorgen, Aa. Jensen, and J. Oddershede, J. Chem. Phys 115, 10323 (2001).
P. Norman, D. M. Bishop, H. J. A. Jensen, and J. Oddershede, J. Chem. Phys 123, 194103 (2005).
J. Kauczor, and P. Norman, J. Chem. Theor. Comput 10, 2449 (2014).
K. Aidas, C. Angeli, K. L. Bak, V. Bakken, R. Bast, L. Boman, O. Christiansen, R. Cimiraglia, S. Coriani, P. Dahle, E. K. Dalskov, U. Ekström, T. Enevoldsen, J. J. Eriksen, P. Ettenhuber, B. Fernández, L. Ferrighi, H. Fliegl, L. Frediani, K. Hald, A. Halkier, C. Hättig, H. Heiberg, T. Helgaker, A. C. Hennum, H. Hettema, E. Hjertenaes, S. Høst, I. M. Høyvik, M. F. Iozzi, B. Jansík, H. J. A. Jensen, D. Jonsson, P. Jørgensen, J. Kauczor, S. Kirpekar, T. Kjaergaard, W. Klopper, S. Knecht, R. Kobayashi, H. Koch, J. Kongsted, A. Krapp, K. Kristensen, A. Ligabue, O. B. Lutnaes, J. I. Melo, K. V. Mikkelsen, R. H. Myhre, C. Neiss, C. B. Nielsen, P. Norman, J. Olsen, J. M. H. Olsen, A. Osted, M. J. Packer, F. Pawlowski, T. B. Pedersen, P. F. Provasi, S. Reine, Z. Rinkevicius, T. A. Ruden, K. Ruud, V. V. Rybkin, P. Sałek, C. C. M. Samson, A. S. de Merás, T. Saue, S. P. A. Sauer, B. Schimmelpfennig, K. Sneskov, A. H. Steindal, K. O. Sylvester-Hvid, P. R. Taylor, A. M. Teale, E. I. Tellgren, D. P. Tew, A. J. Thorvaldsen, L. Thøgersen, O. Vahtras, M. A. Watson, D. J. D. Wilson, M. Ziolkowski, and H. Ågren, WIREs Comput. Mol. Sci 4, 269 (2014).
T. Fransson, I. Zhovtobriukh, S. Coriani, K. T. Wikfeldt, P. Norman, and L. G. M. Pettersson, Phys. Chem. Chem. Phys 18, 566 (2016).
T. Yanai, D. P. Tew, and N. C. Handy, Chem. Phys. Lett 393, 51 (2004).
U. Ekström, P. Norman, V. Carravetta, and H. Agren, Phys. Rev. Lett 97, 143001 (2006).
U. Ekström, and P. Norman, Phys. Rev. A 74, 042722 (2006).
A. Bergner, M. Dolg, W. Küchle, H. Stoll, and H. Preuß, Mol. Phys 80, 1431 (1993).
N. Godbout, D. R. Salahub, J. Andzelm, and E. Wimmer, Can. J. Chem 70, 560 (1992).
H. Ågren, V. Carravetta, O. Vahtras, and L. G. M. Pettersson, Theor. Chem. Accounts-Theor. Comput. Model. (Theoret. Chim. Acta) 97, 14 (1997).
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, and D. J. Fox, Gaussian09, Revision B.01, (Gaussian Inc., Wallingford CT, 2009).
J. P. Perdew, K. Burke, and M. Ernzerhof, Phys. Rev. Lett 77, 3865 (1996).
J. R. Cheeseman, G. W. Trucks, T. A. Keith, and M. J. Frisch, J. Chem. Phys 104, 5497 (1996).
D. E. Woon, and T. H. Jr. Dunning, J. Chem. Phys 98, 1358 (1993).
T.H. Jr. Dunning, and P. J. Hay, in Methods of Electronic Structure Theory, edited by H. F. Schaefer (Plenum Publishing Company, New York, 1977).
M. Schindler, and W. Kutzelnigg, J. Chem. Phys 76, 1919 (1982).
R. E. Wasylishen, and J. O. Friedrich, Can. J. Chem 65, 2238 (1987).
J. Vaara, J. Lounila, K. Ruud, and T. Helgaker, J. Chem. Phys 109, 8388 (1998).
R. D. Wigglesworth, W. T. Raynes, S. P. A. Sauer, and J. Oddershede, Mol. Phys 96, 1595 (1999).
K. Ruud, P. O. Åstrand, and P. R. Taylor, J. Chem. Phys 112, 2668 (2000).
J. Klimeš, D. R. Bowler, and A. Michaelides, J. Phys.-Condens. Matter 22, 022201 (2010).
V. Babin, G. R. Medders, and F. Paesani, J. Phys. Chem. Lett 3, 3765 (2012).
G. R. Medders, V. Babin, and F. Paesani, J. Chem. Theor. Comput 10, 2906 (2014).
S. K. Reddy, S. C. Straight, P. Bajaj, C. Huy Pham, M. Riera, D. R. Moberg, M. A. Morales, C. Knight, A. W. Götz, and F. Paesani, J. Chem. Phys 145, 194504 (2016), arXiv: 1609.02884.
E. Shiratani, and M. Sasai, J. Chem. Phys 104, 7671 (1996).
E. Shiratani, and M. Sasai, J. Chem. Phys 108, 3264 (1998).
S. R. Accordino, J. A. Rodriguez Fris, F. Sciortino, and G. A. Appignanesi, Eur. Phys. J. E 34, 48 (2011).
G. A. Appignanesi, J. A. Rodriguez Fris, and F. Sciortino, Eur. Phys. J. E 29, 305 (2009).
K. T. Wikfeldt, A. Nilsson, and L. G. M. Pettersson, Phys. Chem. Chem. Phys 13, 19918 (2011).
I. Zhovtobriukh, N. A. Besley, T. Fransson, A. Nilsson, and L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys 148, 144507 (2018).
A. K. Soper, J. Phys. Chem. B 119, 9244 (2015).
M. Matsumoto, T. Yagasaki, and H. Tanaka, J. Comput. Chem 39, 61 (2018).
M. Leetmaa, M. P. Ljungberg, A. Lyubartsev, A. Nilsson, and L. G. M. Pettersson, J. Electron Spectr. Related Phenom 177, 135 (2010).
C. Ammann, P. Meier, and A. E. Merbach, J. Magn. Reson 46, 319 (1982).
N. Galamba, and B. J. C. Cabral, J. Chem. Phys 148, 044510 (2018).
J. Kongsted, C. B. Nielsen, K. V. Mikkelsen, O. Christiansen, and K. Ruud, J. Chem. Phys 126, 034510 (2007).
L. B. Skinner, C. Huang, D. Schlesinger, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson, and C. J. Benmore, J. Chem. Phys 138, 074506 (2013).
S. Myneni, Y. Luo, L. Å. Näslund, M. Cavalleri, L. Ojamäe, H. Ogasawara, A. Pelmenschikov, P. Wernet, P. Väterlein, C. Heske, Z. Hussain, L. G. M. Pettersson, and A. Nilsson, J. Phys.-Condens. Matter 14, L213 (2002).
M. Cavalleri, H. Ogasawara, L. G. M. Pettersson, and A. Nilsson, Chem. Phys. Lett 364, 363 (2002).
D. Nordlund, H. Ogasawara, K. J. Andersson, M. Tatarkhanov, M. Salmerón, L. G. M. Pettersson, and A. Nilsson, Phys. Rev. B 80, 233404 (2009).
L. Kong, X. Wu, and R. Car, Phys. Rev. B 86, 134203 (2012), arXiv: 1204.0268.
M. Odelius, H. Ogasawara, D. Nordlund, O. Fuchs, L. Weinhardt, F. Maier, E. Umbach, C. Heske, Y. Zubavichus, M. Grunze, J. D. Denlinger, L. G. M. Pettersson, and A. Nilsson, Phys. Rev. Lett 94, 227401 (2005).
O. Fuchs, M. Zharnikov, L. Weinhardt, M. Blum, M. Weigand, Y. Zubavichus, M. Bär, F. Maier, J. D. Denlinger, C. Heske, M. Grunze, and E. Umbach, Phys. Rev. Lett 100, 027801 (2008).
L. Weinhardt, M. Weigand, O. Fuchs, M. Bär, M. Blum, J. D. Denlinger, W. Yang, E. Umbach, and C. Heske, Phys. Rev. B 84, 104202 (2011).
F. K. Gel’Mukhanov, L. N. Mazalov, and A. V. Kondratenko, Chem. Phys. Lett 46, 133 (1977).
M. P. Ljungberg, A. Nilsson, and L. G. M. Pettersson, Phys. Rev. B 82, 245115 (2010).
M. P. Ljungberg, L. G. M. Pettersson, and A. Nilsson, J. Chem. Phys 134, 044513 (2011).
L. G. M. Pettersson, T. Tokushima, Y. Harada, O. Takahashi, S. Shin, and A. Nilsson, Phys. Rev. Lett 100, 249801 (2008).
M. P. Ljungberg, I. Zhovtobriukh, O. Takahashi, and L. G. M. Pettersson, J. Chem. Phys 146, 134506 (2017), arXiv: 1701.08279.
O. Takahashi, M. P. Ljungberg, and L. G. M. Pettersson, J. Phys. Chem. B 121, 11163 (2017).
P. L. Chau, and A. J. Hardwick, Mol. Phys 93, 511 (1998).
K. T. Wikfeldt, M. Leetmaa, M. P. Ljungberg, A. Nilsson, and L. G. M. Pettersson, J. Phys. Chem. B 113, 6246 (2009).
B. Prasad, A. R. Lewis, and E. Plettner, Anal. Chem 83, 231 (2011).
N. Matubayasi, C. Wakai, and M. Nakahara, J. Chem. Phys 107, 9133 (1997).
F. Mallamace, C. Corsaro, M. Broccio, C. Branca, N. González-Segredo, J. Spooren, S. H. Chen, and H. E. Stanley, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105, 12725 (2008).
Author information
Authors and Affiliations
Corresponding author
Rights and permissions
About this article
Cite this article
Zhovtobriukh, I., Cabral, B.J.C., Corsaro, C. et al. Liquid water structure from X-ray absorption and emission, NMR shielding and X-ray diffraction. Sci. China Phys. Mech. Astron. 62, 107010 (2019). https://doi.org/10.1007/s11433-019-9421-3
Received:
Accepted:
Published:
DOI: https://doi.org/10.1007/s11433-019-9421-3